perjantai 1. tammikuuta 2010

American Journal of Physics ja vertaisarviointi

Lähetin marraskuun alussa American Journal of Physics lehteen artikkelin otsikolla "On the relation of entropy and evolution". Artikkeli sisälsi kritiikkiä kahta lehdessä aiemmin julkaistua artikkelia ("Entropy and evolution", Daniel F. Styer, AJP 11/08 ja "Evolution and the second law of thermodynamics", Emory F. Bunn, AJP 10/09) kohtaan. Yllätyin, koska lehden toimittaja lähetti minulle vain yhden vertaisarviointiraportin ilmoittaessaan julkaisupäätöksestä, joka oli kielteinen. Yleensä vertaisarviointiraportteja on vähintään kaksi.

Vertaisarvioija oli löytänyt artikkelistani useita virheitä, eikä hän puoltanut julkaisua. Lehden toimittaja myös ilmoitti, ettei hän halua korjattua versiota artikkelistani. Lähetin artikkelini myöhemmin suoraan Styerille ja Bunnille ja pyysin heiltä kommenttia. Tästä seurasi toinen yllätys. Saamistani vastauksista kävi ilmi, että prof. Styer oli myös ollut vertaisarviointiraportin kirjoittaja. Hän oli siis päässyt puolustamaan omia näkemyksiään parhaalla mahdollisella paikalla, toimimalla omiin näkemyksiin kohdistuvan kritiikin vertaisarvioijana. Ei tarvitse olla kovinkaan hyvä ennustaja tai ihmismielen tuntija, kun voi päätellä mikä on lopputulos tässä tapauksessa. Kerroin havaintoni Styerille, mutta hän ei ollut halukas keskustelemaan asiasta, kuten alla olevasta kirjeenvaihdostamme käy ilmi. Kysyin vertaisarvioinnin toteutuksesta myös AJP:n toimittajalta Jan Tobochnikilta, mutta häneltä oli aika vaikeaa saada selkeitä vastauksia ja lopulta hän kieltäytyi vastaamasta viesteihini.

Sähköpostikirjeenvaihto Lonka vs. Styer 12/09:

RL:
Referring to your article published in the AJP I'm enclosing my article which includes criticism about the claims/speculations presented in your article. Please feel free to comment.
I think that the entropy&evolution topic is very relevant in the origins debate and I'm planning to set up a web site devoted to this topic. I would like to include also your article in the site. I'd like the site to be a kind of "open source" including all, or a good deal of material related to this topic so that any interested 3rd party would have access to all arguments (including your possible comments) presented. Please let me know whether you are able/willing to give such permission. AJP editor Jan Tobochnik biefly said to me that he can not give the permission.
P.S. I'm specially interested how do you see the apparent conflict between your (&Bunn's) paper and the papers of Annila et al. about the effect of evolution on entropy (neg vs. pos).

DS:
Comments concerning "On the relation of entropy and evolution"
by Raimo Lonka (version of 30 November 2009) Comments by Dan Styer
copyright (c) 4 December 2009
I just took a skim at this paper and found multiple errors in the first
[cut]

"[E]nergy is converted into heat." No. Heat is a form of energy
transfer, not a form of energy. But if heat were a form of energy, then
energy would be converted from one form to another, not from "energy" into
"heat".

[cut]

RL:
Thank you very much for your comments. What is most interesting is that you write exactly the same way (using exactly the same phrases) as the anonymous referee, who evaluated my article for AJP. So I can conclude that you must be the referee! Congratulations! (I would also like to be a referee for articles critical to my article! =D. What a perfect position to defend yourself!!) Well, I'm only an honest amateur and I really thought that the peer-review process would be more open and impartial. But anyway this is very interesting material for a web site!

An excerpt from your mail commenting my article:

"[E]nergy is converted into heat." No. Heat is a form of energy transfer, not a form of energy. But if heat were a form of energy, then energy would be converted from one form to another, not from "energy" into "heat".

An excerpt from Referee's report on AJP manuscript 23081:

"energy is converted into heat." No. Heat is a form of energy transfer, not a form of energy. But if heat were a form of energy, then energy would be converted from one form to another, not from "energy" into "heat".

What a coincidence, like a spontaneous emergence of life!
[cut]

DS:
If you have substantive things to say, I'll try to discuss them with you. If you wish to discuss social issues rather than science, or if you wish to chatter about which of dozens of definitions of "heat" is the one most appropriate to thermodynamics, I'll not discuss them because there's no reason to.

RL:
The substantive things are in my article and currently I'm quite satisfied with your comments so far. In my opinion the peer-review process is not a social issue and I expect it to be a process that is impartial, fair and conducted in a manner free of bias. In my case these fundamental principles have been violated.
I'll be preparing (later) a web site, which will include all arguments presented and your comments & referee report and my response to them. I will also include the details of the "peer-review" process in my case, which is a good example of "self-defending" science making.
Your further comments are welcome and will be added to the site.

DS:
My remarks to you on 4 December was copyrighted and you may not legally post it on any web site. I remain open to questions about science.

RL:
Oh, don't worry, I will not break the law. I need only some citations and you can be sure that I will not forget to mention the source...

Sähköpostikirjeenvaihto Lonka vs. Tobochnik 12/09

RL:
Have you send the referee report on AJP manuscript 23081 to anyone else than me?
If you have, please list all those who have received the report.

JT:
I send the reviews to reviewers.

RL:
One further question:
Does the reviewer have legitimate right to send the referee report to any 3rd party or is it a confidential issue between AJP and the reviewer?

JT:
It should not be sent to a 3rd party. You may discuss it with individuals to help you understand it. But if it ever appeared in public we would consider it a breach of professional ethic.

RL:
You did not seem to understand my question, so I try to make it more simple:
Is this the complete scenario what happened when I submitted my article "On the relation of entropy and evolution":
1) You sent my submission to the reviewer
2) Reviewer wrote the referee report and sent it only you and not to any 3rd party
3) You sent the referee report to me with the decision about publication
Please add if there were any other steps or procedures or any other correspondence with any parties not mentioned here.

JT:
As I believe I already explained, I do send the review of reviewer r1 to r2 and vice versa. Otherwise what you write below is correct.

RL:
So there should be two reviewers r1 and r2.
Why I received only one report?
Please tell me also how do you guarantee that the review process is impartial and free of bias?

JT:
The other reviewer simply wrote comments to me, saying the same thing as the first reviewer. Thus, I didn't send you the comments directed to me. I have had enough of your questions. I will not respond to any further emails from you.

AJP:n toimittajan mukaan vertaisarviointiraportin julkaisu loukkaisi tieteen eettisiä pelisääntöjä ("a breach of professional ethic"). Olisi hauska tietää onko Jan Tobochnikin mielestä tieteen eettisten pelisääntöjen mukaista, että vertaisarvioinnin tekee kritiikin kohteeksi joutunut tieteentekijä? Ainakin Minnesotan yliopiston sivuston mukaan tieteellisen kiistan osapuoli ei saisi osallistua vertaisarviointiin: "Do not review work on a subject where you are involved in a contentious dispute." (lähde: http://www.research.umn.edu/ethics/curriculum/peer_review.html). Lisäksi minulla on aika vahva epäily, että Jan Tobochnik valehteli minulle siinä, että vertaisarviointiraportteja olisi ollut kaksi. (Se toinen oli tietysti prof. Bunnin laatima! =D)

Lopuksi muutamia ohjeita niille, jotka aikovat lähettää artikkelin American Journal of Physics-lehteen.

1) Kun olet saanut manuscript id:n, mikä tarkoittaa sitä, että AJP:n toimitus on hyväksynyt artikkelisi vertaisarviointiin, niin muista kysyä vertaisarvioijien lukumäärä ja pyydä, että sinulle lähetetään kaikki vertaisarviointiraportit.

2) Mikäli sinun täytyy kysyä jotain AJP:n toimittajalta, sinun tulee

2a) muotoilla kysymyksesi niin, että voit odottaa saavasi ymmärrettäviä ja informatiivisia vastauksia

2b) tehdä vain yksinkertaisia kysymyksiä, että voit odottaa saavasi tulkitsemattomia ja selkeitä vastauksia

2c) minimoida kysymysten lukumäärä, että voit odottaa saavasi vastaukset kaikkiin kysymyksiisi

Muista, että näiden ohjeiden noudattaminen ei vielä takaa sitä, että artikkelisi saisi puoluettoman, reilun ja ennakkoluulottoman (impartial, fair, free of bias) vertaisarvioinnin American Journal of Physics-lehdessä, mutta se voi auttaa sinua selviytymään tilanteessa. Onnea matkaan! ;-)