Kehitysoppistrategiaa: Julkaise väite ja hävitä todisteet

Uuden tutkimuksen mukaan valtaosa fylogeneettistä evoluutiopuuta tukevasta havaintoaineistosta viimeisen kahden vuosikymmenen ajalta on kadoksissa. Bryan T. Drew [Open Tree of Life Project] päätti tarkistaa evoluutiopuun rakentamiseen käytetyn havaintoaineiston. Hän raportoi melko järkyttävät tulokset Naturessa.

"Tarkistamistamme 6193 tutkimuksesta, jotka oli julkaistu yli 100:ssa vertaisarvioidussa tiedelehdessä, vain 17%:ssa evoluutiopuu ja vertailuaineisto (jota käytetään polveutumisen päättelyyn) oli esillä. Yhteydenotot johtaviin tutkijoihin havaintoaineiston saamiseksi olivat tuloksellisia vain 19%:ssa. Lähes kaikkien tutkimuksien DNA sekvenssejä säilytetään GenBank-tietokannassa, mutta fylogeneettiseen analyysin uudelleen arviointiin tarvitaan varsinainen vertailuaineisto. Arviomme mukaan yli 64% vertailuaineistosta tai evoluutiopuista on pysyvästi kadoksissa."

Tämä tarkoittaa sitä, että lähes 4000 vertaisarvioitua tieteellistä julkaisua ei kykene esittämään havaintoaineistoa väitteidensä tueksi. Uudet julkaisukäytännöt voivat korjata asiantilaa, mutta Drew pitää ongelmaa vakavana:

"Tämä ongelma estää lisääntyvässä määrin fylogeneettistä analyysiä, kun koko genomin kattavat tiedostot yleistyvät. Tiedelehtien täytyy vahvistaa online-julkaisukäytäntöä, joko lisämateriaalien tai erillisten tietokantojen (TreeBASE, Dryad) avulla. Ekologeilla, evoluutiobiologeilla ja muilla on silloin pääsy fylogeneettiseen vertailuaineistoon ja he voivat testata omia hypoteesejaan."

Nämä muut voivat silloin olla evoluutiopuun rakennetta epäileviä skeptikkoja, jotka haluavat tarkistaa, ovatko kehitysopilliset väitteet perusteltuja vai perustuvatko ne vain maailmankatsomukselliseen ennakkokäsitykseen (eliöiden polveutuminen yhteisestä esi-isästä on totta).

Open Tree of Life -sivusto esittää lisää syitä huoleen. Vain pieni osa fylogeneettisestä vertailuaineistosta on julkista ja artikkeli "Lasi on vielä melko tyhjä"("The Glass Is Still Pretty Empty") varoittaa:

"Toisinaan ihmettelet onko lasi puoliksi täynnä vai puoliksi tyhjä. Mutta kun siitä on täytetty vain 4% - loppu 96% on vain ilmaa - niin vain yksi johtopäätös on mahdollinen: on aika saada lisää."

Vaikka Drew arvioi, että yli 64% fylogeneettisestä vertailuaineistosta on kadoksissa, niin todellinen luku voi olla paljon suurempi. Artikkelin mukaan vain pieni osa julkaistuista evoluutiopuista voidaan tarkistaa vertailuaineiston perusteella:

"Näin ainakin jotkut fylogeneettiseen yhteisöön kuuluvista tiedemiehistä väittävät, koska vain n. 4% kaikista julkaistuista fylogenioista on talletettu julkisiin tietokantoihin (TreeBASE, Dryad). Heidän viestinsä on selvä: on aika saattaa yhteen lisää vertailuaineistoja eliöiden mahdollisesta polveutumisesta."

"Vain kattava julkinen havaintoaineisto tarjoaa tiedemiehille mahdollisuuden tehokkaasti vertailla missä aikaisemmat tutkimukset ovat yhtä mieltä eliöiden polveutumishistoriasta, ja missä on vielä ratkaisemattomia ongelmia."

Fylogeneettisten vertailuaineistojen uudelleentarkastelu on usein epäonnistunut:

"Ryhmä hollantilaisia, englantilaisia ja yhdysvaltalaisia tiedemiehiä julkaisi hiljattain artikkelin, joka käsitteli fylogeneettisen vertailuaineiston (ml. evoluutiopuu) tallettamiskäytäntöjä. He päättelivät, että usein fylogeneettistä tietoa on vaikea käyttää uudelleen tiedon arkistointiin liittyvien lukuisten puutteiden takia. Sen vuoksi useimmat yritykset tiedon hyödyntämiseksi näyttävät olevan hedelmättömiä."

Artikkelin kirjoittajat toivovat, että tulevaisuudessa asiat korjaantuvat. Mutta tällä hetkellä Darwinin elämänpuu on vain epätodellinen haamu. Se on 96%:sti ilmaa.

Hiljattain julkaistu uusi tutkimus PNAS-tiedelehdessä kertoo retrotransposonien laajalle levinneestä horisontaalisesta geeninsiirrosta selkärankaisten (kotieläimet, kissat ja koalat) genomeissa. Tämä voi sotkea lisää kehitysopillisia päätelmiä:

"Näiden eläinryhmien BovB sekvensseihin perustuva fylogeneettinen evoluutiopuu ei ole yhtenevä oletetun evolutiivisen sukulaisuuden kanssa ja analyysimme osoittaa, että ainakin 9 horisontaalista geeninsiirtotapahtumaa vaaditaan selittämään havaintoaineisto. Havaintoaineistomme tarjoaa vankkaa todistusaineistoa horisontaalisen geeninsiirron vaikutuksista selkärankaisten genomien muotoutumiseen."

Tämä ei varmaan ole sellaista "muodonmuutosta", jota Darwin olisi toivonut löytyvän. Se viittaa siihen, että havaintoaineisto on kokenut "muodonmuutoksen", jonka vuoksi puun havaitseminen on entistä vaikeampaa.

Fylogeneettiset ongelmat ovat olennainen osa kehitysoppia. Pieni penismatokin kykeni heiluttamaan evoluutiopuuta.


Lähde:

http://www.evolutionnews.org/2013/01/publish_the_cla068361.html